La tabla debe contar con una estructura como la siguiente:

<table id="tablaDinamica" width="100%">
<tbody></tbody>
</table>

Para agregar filas:
$('#tablaDinamica > tbody:last-child').append('<tr><td>Valor Columna 1</td><td align="right">Valor Columna 2</td></tr>');

Para borrar todas las filas de la tabla:
$("#tablaDinamica > tbody tr").remove();